機械化帝國是一個不重視生命的機械帝國，首領是機械神，以攻占星球並把其機械化為已任。而除了地球，包括月球在內，整個太陽係已被機械化了。
　　峰崎拳一，立花浩美和朝岡忍子春風校園六年級生。就在他們回校參加開業禮時，機械化帝國的第一機械王齒車王開始攻擊地球。就在峰崎拳一等人快要受襲，守衛地球的艾度蘭打開一個時空裂縫，三人回到六千四百萬年前的世界。這時光之人艾度蘭已經差不多耗盡所有能量，於是他把三隻恐龍型機械交給他們。
　　這次保護地球對抗機械化帝國的重任，就落在春風校園六年二組身上了。
　　由於齒車王多次失敗，失去機械神的信任，最後一戰更被新機械王電氣王所殺。電氣王乘坐機械神所給予的黑色戰神對抗哥修羅，強調力量的他，經常利用軍事武器變成機械獸，在某次戰役受重傷，與黑色戰神同化，但最後也戰死。
　　機械神派出的第三個機械王引擎王，矢誌以尋找最強力量為己任。但最後一刻，因企圖反叛機械神而連累自己的機械兒子喬他寶。亦因擋著自爆的機械城被哥修羅刺穿身體而壯烈犧牲。
　　由於機械城大爆炸，引出時空洞穴，令時序大變，地球變成機械化，所以眾人回到過去。原來當初機械化帝國第一個派去地球的原子王在艾度蘭的攻擊下節節敗退，在將被消滅的時候拾得喬他寶的頭(被卷入時空洞)。因喬他寶的頭收藏了哥修羅的大量資料，故原子王依照這些資料製造一部黑暗哥修羅，使艾度蘭反勝為敗。最後眾人消滅原子王，使時序回複正常，同時他們也見證恐龍滅亡的定律。
　　機械神由於連續失去多個機械王，故以大量能量，使四大機械王複活，並給予他們無限能量，可以自由巨大化，被擊敗也可複活，也可以自由合體。但在他們多次失敗之後，機械神把他們殺死，並親自到達地球與哥修羅作最後決戰。
　　學生們發明了反機械化裝置，以哥修羅的能量把地球以及各被機械化的星球回複正常，使情勢逆轉，最後更一舉消滅機械神，令機械化帝國被消滅。