小智（鬆本莉香 配音）來自真新鎮，他的目標是要成為神奇寶貝頂級訓練師。在即將展開訓練師旅程的一天，因為遲到，他並沒有拿到初始的小精靈。大木博士（石塚運昇 配音）見狀，便送了一隻不願進精靈球和非常調皮的皮卡丘給這位失落的年輕人。於是，他們倆便踏上了精靈寶可夢的旅程。
　　在旅途中，他們的之間的隔閡逐漸打破，並認識了同行的夥伴誠子（佐藤刊裏 配音）與宗次（本鄉奏多 配音），並聽到了有關鳳王的傳說。“受到虹色之羽的引導，見到鳳王的人，就會成為彩虹勇士...”
　　本部劇場版是《神奇寶貝》動畫係列的第二十部電影。該部電影的劇情是係列動畫第一集《神奇寶貝！就決定是你了！》的改編，描述小智與皮卡丘踏上成為寶可夢大師的冒險之旅。