就快放暑假了，小學生上原康一在放學回家的路上撿到一塊大石頭。他把石頭帶回了家，沒想到用水一洗，裏麵竟跳出一隻小河童來。小河童對他“咕”的叫了一聲，於是康一就給它取名為“小咕”。
　　小咕會說人類的語言，幾百年來他一直被埋在在地下。康一很快就和小咕成了好朋友，他們一起洗澡，一起吃飯，一起睡覺。而其它家庭成員也接受了小咕，小河童成了上原一家的秘密。
　　一天，小咕提出想回家和夥伴們在一起。康一為了讓小咕了解外麵的世界，悄悄把它帶了出去。小咕發現環境已經麵目全非，大吃了一驚，這個不適合就河童生存的地方根本就找不到夥伴。看到小咕難過，康一也不好受。他和小咕一起外出旅行，來到了還保存著河童傳說的遠野縣。兩人在美麗的大自然中找到了適合河童生活的地方，小咕愉快地在清澈的河裏遊了起來，康一也為它高興。可是，在這裏也怎麼都找不到其它河童。康一聽到村民們說“抓住一隻河童能得一千萬呢！”，趕忙帶著小咕離開了那裏。
　　回到家，康一訝異地撞見了一個小報記者。原來那人聽說上原家養著一隻河童，一定要拍照。小咕的秘密終於被大家知道了。康一的爸爸被公司勒令一定要讓河童上電視。為了上原一家，小咕答應參加電視節目。然而在到場嘉賓裏，它看到了一個長得很像殺父凶手的人。就在小咕被恐懼包圍的時候，電視節目現場發生了意外。它拚命逃到了外麵，然而無論跑到哪裏都會看到黑壓壓的人群。
　　為了擺脫讓它害怕的人類，小咕爬上了東京塔。夏季的烈日照得它精疲力竭。小咕俯瞰著城市，獨自低語道：“哪裏都找不到一個安靜的地方，這裏是人類的窩。我已經不行了。我要去爸爸那裏……”